Por aquellos años, Sevilla había cobrado gran importancia por su comercio con las Indias, lo que fomentó que se instalase una numerosa población de mulatos en la ciudad. Este grupo se concentró sobretodo en el barrio de San Ildefonso, y sufría una gran marginación social, motivo por el cual nace dicha corporación ahí, concretamente en el Hospital de Nuestra Señora de Belén en el año 1571. Poco tiempo después, se traslada a la Parroquia de San Ildefonso, donde establece definitivamente su sede.
La Hermandad no acogía a miembros blancos, y debido a la humildad y desamparo de sus integrantes, contaba con una economía muy limitada.
A consecuencia de la fuerte epidemia que sufrió Sevilla en el siglo XVII, la población disminuyó considerablemente, por lo que mermaron los miembros de la corporación. Comienza ahí la decadencia de la Hermandad de la Presentación.
En lo que a imágenes respecta, la Hermandad contó con la dolorosa de la Presentación y un Ecce Homo, añadiéndose a finales del siglo XVII un crucificado que se convertió en la principal devoción. Procesionaron la tarde del Miércoles Santo, y en origen solo lo hacían los dos primeros pasos, añadiéndose posteriormente el del Crucificado.
En el tercer cuarto del siglo XVIII, la Hermandad cesó su actividad debido a la disminución tan importante en el número de hermanos y al derribo del antiguo templo parroquial, en 1794.
El 9 de marzo de 1886, el cardenal Ceferino González llevó a cabo la reorganización de la Hermandad. Tras aprobar las nuevas reglas, se decidió que la escena que procesionase en Semana Santa fuera la del Calvario, integrada por las imágenes del Crucificado, la Virgen, San Juan Evangelista, María Magdalena y las Marías. El Cristo presidía el misterio y el resto de figuras se disponían a los pies de la Cruz, en una especie de "Sacra conversación". Representa los momentos previos al Descendimiento.
Una característica a destacar del misterio, era la indumentaria de las imágenes, muy diferentes a las del resto de la Semana Santa sevillana. Era una composición de progenie neoclásica y tintes románticos, lo que se reflejaba en las prendas coloridas de las figuras. Es importante señalar que en aquellos años, las imágenes iban vestidas prácticamente de luto, por lo que este misterio llamó aún más la atención, pues mostraba el carácter burgués que había adquirido la corporación tras su reorganización. Estos nuevos rasgos no fueron entendidas por el pueblo, por lo que el paso fue conocido popularmente como "El cromo", debido a su colorido.
Procesionó por última vez el Miércoles Santo de 1892. Se optó por suprimir el misterio y sustituirlo por dos pasos: el primero con el crucificado únicamente y el segundo, la Virgen bajo palio, acompañada a veces por San Juan. Comienza a hacer estación de penitencia en 1895.
El paso de Cristo era de estilo Neogótico, contando con elementos como cresterías, pilastras, etc. La Virgen iba bajo un palio negro, aunque esa austeridad cambió cuando en 1898 Rodríguez Ojeda realiza una saya bordada para la Virgen, y un año después entrega un palio y un manto de terciopelo azul.
En cuanto al palio, fue rehecho por Rodríguez Ojeda después de un incendio. Tras esto, ha sufrido algunas transformaciones hasta llegar a la actualidad.
El Viernes Santo de 1916, la Hermandad se trasladó a su actual sede en la parroquia de la Magdalena desde la Iglesia de San Gregorio.